Amphotericin B er det mest bredspektrede antimykotikum, der ligesom nystatin tilhører gruppen af polyen-antimykotika. 

Stoffet bindes reversibelt til ergosterol i svampenes cellemembran, hvorved membranpermeabiliteten øges. Amphotericin B er overvejende fungicidt, og virkningen er uafhængig af svampens væksthastighed. 

Resistens ses hos Aspergillus terreus, Aspergillus flavus og hos visse C. lusitaniae-isolater og er også påvist hos enkelte C. glabrata- og C. krusei-isolater i Danmark.  

Amphotericin B har et lavt terapeutisk indeks, men det er i visse studier vist, at præmedicinering med 0,5 l isotonisk natriumchlorid og paracetamol reducerede bivirkningerne. Konventionelt amphotericin B er ikke længere markedsført, men kan fås med udleveringstilladelse. Liposomal amphotericin B i form af et lipidkompleks, indesluttet i liposomer eller i kompleks med natriumcholesterylsulfat adskiller sig farmakokinetisk og toksikologisk fra konventionelt amphotericin B, da disse lipidformuleringer i mindre grad kumuleres i nyrevæv med lavere nyretoksicitet til følge. 

Selv om disse formuleringer er meget dyrere, bør de generelt foretrækkes - specielt hos patienter med nyresygdom eller ved samtidig behandling med andre potentielt nyretoksiske farmaka, da toksicitet af konventionel amphotericin B ofte fører til seponering og forlænget indlæggelse på grund af nyreinsufficiens.  

AmBisome® har bedst penetration til CNS og hurtigst sterilisation af spinalvæsken ved kryptokokmeningitis og bør derfor foretrækkes ved CNS-infektion.
Plasmakoncentration af de lipidformulerede amphotericin-præparater er lavere end af konventionelt amphotericin B, og derfor kompenseres der herfor ved en højere dosering. Systemisk anvendelse af amphotericin B bør kun ske under indlæggelse.