Pentamidin er et muligt valg til behandling af både kutan og visceral leishmaniasis. Der eksisterer dog meget begrænsede data, der sammenligner pentamidin med miltefosin, med liposomalt amphotericin B og med de internationalt tilgængelige lægemidler indeholdende pentavalente antimoner, og pentamidin er ikke første valg til behandling. 

Mod kutan leishmaniasis kan anvendes den anbefalede dosering i produktbeskrivelsen eller en dosis på 7 mg/kg legemsvægt i.v. 1 gang ugentligt i 3 uger. 

Mod mucocutan leishmaniasis kan anvendes den anbefalede dosering i produktbeskrivelsen, eller der kan anvendes en dosis på 2-4 mg/kg legemsvægt i.v. hver 2. dag til i alt højst 15 gange eller markant bedring i læsionernes størrelse. 

Sparsomme data eksisterer for anvendelse af pentamidin som profylakse mod recidiv af visceral leishmaniasis hos HIV-positive patienter med et CD4-tal under 200 og som er forbehandlet med et mere effektivt middel som liposomalt amphotericin B. Dosis anvendt er 4 mg/kg legemsvægt (op til 300 mg) som infusion 1 gang pr. måned, indtil CD4-tal er over 200.